针对有些病毒感染，目前还没有特效药，主要是因为病毒容易变异，不仅变异速度快，而且比较复杂，所以研发的速度往往跟不上病毒变异的速度。

尤其是一些发病率较低的疾病，医学界没有作为重点的抗病毒治疗的研发项目去进行开发。但随着医疗技术水平的进步，有很多疾病已经有了明确有效的抗病毒药物治疗。

尤其是针对慢性的病毒感染的疾病，如丙型肝炎，目前也有小分子药物上市，比如索磷布韦、维帕他韦等抗病毒药物治疗，目前丙肝已经认为是可以治愈的疾病，抗病毒治疗有效率可以超过97%以上。

针对乙型肝炎病毒的抗病毒治疗，有核苷类抗病毒药物和聚乙二醇干扰素抗病毒治疗。核苷类抗病毒药物包括恩替卡韦、替诺福韦、丙酚替诺福韦、艾米替诺福韦等。治疗的目标就是最大限度地持久地抑制病毒复制，减少肝硬化和肝癌的发生。

另外，目前针对于艾滋病有几十类种抗肿瘤药物治疗，通常包括五大类，比如核苷类、反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂、蛋白酶抑制剂、转合酶抑制剂、融合酶抑制剂、CCR5拮抗剂等。