开始执行劈斩任务，去17号道路或马利埃庭园寻找4只纸御剑。在马利埃庭园，连续战胜5名训练师后得到巨大金珠。捉到4只纸御剑后回到汽车旅店。
在汽车旅店，帅哥告诉主角10年前他参与了3人小组执行消灭UB的任务，最终因为UB攻击了类似来自究极空间的人类而失败，而这种人称之为撒饵潜伏在国际警察中，也称之为Fall。莉拉出现报告新的异兽出现，帅哥慌忙终止了话题，让主角去海洋居民之村的船上餐厅聚齐。
到达海洋居民之村，在左侧方面得到化石翼龙。，熔岩增幅器，电力增幅器。在餐厅见到默丹，他说出莉拉就是Fall，10年前她被救起，检测出身上究极之洞的能量非常多，因为优秀做了帅哥的上级。帅哥认为莉拉目前遇到UB会被杀害，要想办法拖延时间拯救莉拉。
默丹（LV63勾魂眼，LV63流氓鳄，LV63乌鸦头头，LV63猫老大，LV63阿勃梭鲁，）挑战主角，战胜后默丹离开，开始执行捕捉UB大胃王任务，默丹会把它引到终结洞窟深处。
前进的道路比较曲折，带足黄金喷雾，让我们把这片区域转一转。从波尼古道向上，经过波尼树林，途中2处找到基格尔德细胞。
继续向前到达波尼旷野，注意收集基格尔德细胞，右侧山上能找到招式机器24“十万伏特”和基格尔德细胞。击败这个区域所有训练家后与入口的训练家对战获胜得到招式机器60“延后”。
仍然向上到达波尼海岸，两处基格尔德细胞，招式机器97“恶之波动”。
向上到达波尼险路，见到茉莉，击败这个区域所有训练师后可对战（LV61钥圈儿，LV61布鲁皇，LV61胖可丁，LV61蝶结萌虻，LV61灯罩夜菇），获胜得到银色王冠。注意收集2处基格尔德细胞。
达到对战树，关都地区冠军赤红青绿出现，选择赤红（LV70皮卡丘，LV65拉普拉斯，LV66水箭龟，LV66喷火龙，LV65卡比兽，LV66妙蛙花）或青绿（LV65胡地，LV65怪力，LV65风速狗，LV65椰蛋树，LV65暴鲤龙，LV65化石翼龙）对战。
“对战树”可以进行单打，双打和多人三种对战，感兴趣的进去耍耍吧，二十连胜后解锁超级模式（就怕猪一样的队友啊）。
耍的差不多了，回到波尼旷野向左，进入波尼花园。途中能找到招式机器50“过热”，进洞前下坡处有基格尔德细胞。进入终结洞窟，往下走破石能找到招式机器26“地震”。
再往洞窟深处走，能找到2处基格尔德细胞，上高台前右侧有生命宝珠。在草地里能遇到恶食大王，抓到后所有的UB捕捉成功！
赶紧回海洋居民之村的餐厅吧，莉拉和帅哥都非常高兴UB任务完成，3人立即启承到以太乐园找碧珂查看任务结果。到达B2研究室，莉拉已经到了，三人互相致谢，突然帅哥出现，告知大家在美乐美乐岛的天空出现了黑色物体，并闪闪发光~唠叨半天碧珂告诉他是误会，不会有UB再出现…莉拉去梦想家餐厅和契丹约会了…作为任务奖励，帅哥给了100万！与碧珂对话，可以了解到捕获的UB详细情况。
阿罗拉地区的四大守护神在一周目捕获了卡璞・鸣鸣，现在开始捕获其他3只吧。首先是卡璞・蝶蝶，在阿卡拉岛的生命遗迹，用怪力推开巨石前进，触摸石像后卡璞・蝶蝶（LV60）出现。
然后是卡璞・哞哞，在乌拉乌拉岛的卡璞村向右，经过13号道路向上就是哈伊纳沙漠。沙漠算个小迷宫，按照以下路线走，可以找到道具，并最终到达丰收遗迹。
1、入口，向右（PP多项全部剂）
2、入口，向上，向上（防尘护目镜）
3、入口，向上，向右（基格尔德细胞）
4、入口，向上，向右，向上，向右（超能力Z）
5、入口，向上，向右，向上，向右，向左（彗星碎片）
6、入口，向上，向右，向上，向右，向左，向下（招式机器85“食梦”）
7、入口，向上，向右，向上，向右，向左，向上（丰收遗迹）。门口有基格尔德细胞，在丰收遗迹里触摸石像后卡璞・哞哞（LV60）出现。
【特别提示】在3的区域，有个秃头大叔，说他记不得回家的路，如果主角携带宝可梦太阳岩，可以让大叔回想起回家乡的方法，给主角日之石后，回宇宙了==b（大概月亮版是携带宝可梦月石）
最后是卡璞・哞哞，在波尼岛的彼岸遗迹，触摸石像后卡璞・哞哞（LV60）出现。至此四大守护神集齐！
彼岸遗迹遇到吉娜和德克希欧，告知主角收集基格尔德细胞后可以去16号道路的以太基地合成或分解。她们在研究Z手环，介绍携带钥石能让宝可梦实现超级进化，与主角对战展示超级进化（LV61太阳伊布，LV61呆呆王，LV61巨金怪，LV61雷丘，LV61胡地），获胜后得到钥石，胡地进化石。
看看地图，美乐美乐岛的卡拉蔚湾还没去过。飞到3号道路，首先往右下放走，找到招式机器83“死缠烂打”。然后进入美乐美乐花园，向左下角走，有个隐藏的小洞进去是通海洞穴，走出洞穴就是卡拉蔚湾。出口左侧有基格尔德细胞，沙滩上找到招式机器05“吼叫”。
在美乐美乐岛的训练家学校，在3楼左侧与30年没毕业的空手道大叔（LV55火暴猴，LV56路卡利欧）对战，获胜后进屋可以挑战校长菲奥娜（LV57布鲁皇，LV57风速狗，LV57长毛狗），获胜得到王者之证。（注意教室的黑板，战斗中和剧情中的不一样哦，算穿帮么？）
【寻找其他珍惜宝可梦】
来到15号道路的以太之家，在右侧的房间内与以太基金会成员对话，能得到多边兽（LV30）和升级数据。
美乐美乐岛的十克拉山丘，在最深处的空洞草地，能遇到奈克洛兹玛（LV75）。
波尼岛，夜晚携带索尔迦雷欧前往日轮祭坛，在顶端调查光洞，能穿越到另一个版本的世界。前往日轮湖，在最深处索尔迦雷欧与露奈雅拉一同闪现，科斯莫古（LV5）出现，主角与其对话可带走。
日月版本之间除了昼夜、祭坛和日轮湖（月轮湖）不同，其他地方是一样的，可以在这里进行日夜切换。
【伊布行家剧情】
阿卡拉岛，前往皇家大道的超值超市。超市最左侧的收银员大叔原来是伊布行家影虎，在此打工还贷…接受他的任务，去挑战8位伊布训练家吧，每个行家都有LV55的伊布。
水伊布行家：美乐美乐岛的训练家学校3楼老婆婆。
火伊布行家：阿卡拉岛听涛酒店，前台左侧大叔。
雷伊布行家：乌拉乌拉岛的马利埃居民中心，沙发上的老婆婆。
太阳伊布行家：乌拉乌拉岛的地热发电厂，看电视的大叔。（屋里遇见木木博士，给主角诱饵球）
月亮伊布行家：美乐美乐岛的好奥乐墓园，最左上方的大叔。
冰伊布行家：美乐美乐岛的利利小镇，入口处最左侧民房，绿衣服的老婆婆。
叶伊布行家：阿卡拉岛的豪诺豪诺度假地沙滩，最上方比基尼美女。
仙子伊布行家：波尼岛的海洋居民之村，右侧白色渔船内的小女孩。
都战胜后回到超市找大叔（LV57伊布）对战，获胜后得到伊布Z。
【骷髅队解散】
魄镇PC中心，骷髅队1万元卖给主角一件骷髅背心，然后消失了。
利利小镇，解散后的骷髅队在谈论变成建筑工的筑楼队。
可霓可市的餐厅遇到骷髅队手下，得知玛奥是餐厅老板的女儿（又一个富二代），托人给主角冠军奖励“泡沫奶油”，“香袋”（这也太抠了~~）。上2楼大叔给主角“龙之牙”。
出门前肚子有点饿，点一份Z套餐特选，丽姿突然出现与主角共进晚餐啊~这女人居然还单身，边吃边聊，含情脉脉，最后丽姿买单给主角4个心之鳞片，友尽闪人了。哈，主角为了莉莉艾也是老司机啊~
2号道路，在古兹马的家里见到古兹马，与主角约战于好奥乐市的海滩区，进里屋古兹马母亲给主角招式机器87“虚张声势”，这家伙奖杯不少，床睡着不舒服。
到达海滩区与古兹马对战（LV63具甲武者，LV63雨翅蛾，LV63阿利多斯，LV63巨钳螳螂，LV63凯罗斯），获胜后哈拉出现，开导了古兹马，主角得到“觉醒之石”。
【空间研究所全图鉴激活】
慷待镇的空间研究所，芭内特博士给主角“现形镜”。
在所有宠物都收集后，空间研究室所旁边的屋子2楼，找游戏总监看全图鉴，会在游戏家证上加盖7-11页的图章，并给主角“闪耀护符”。
空间研究所左侧大楼2层的Game Freak办公室左上方，每天可以与大叔一战。首次击败他能获得“圆形护符”。