Sinh vật tin tức học thực tiễn tóm tắt, mục lục thư trích

Nội dung tóm tắt:

Quyển sách giới thiệu sinh vật tin tức học ngôi cao dựng cùng thường dùng cơ sở phần mềm trang bị cùng vận hành, sử người đọc có thể phối trí chính mình sinh vật tin tức học phân tích hoàn cảnh; thông qua giới thiệu máy tính phụ trợ dược vật thiết kế cùng gien tổ lặp lại danh sách phân tích chờ nội dung sử người đọc quen thuộc sinh vật tin tức học phân tích giống nhau sách lược. Cường điệu giảng giải sinh vật tin tức học phân tích trong quá trình thường thấy vấn đề phương pháp giải quyết, ở bảo đảm thao tác bước đi hoàn chỉnh cơ sở thượng tận lực tinh giản, gắng đạt tới trợ giúp sử người đọc ở trong thời gian ngắn nhất nắm giữ tri thức cùng có thể đảm nhiệm nên phương diện công tác.

Mục lục: Chương 1 sinh vật tin tức học phân tích cơ sở công cụ cùng ngôi cao phối trí
Đệ nhất tiết văn bản biên tập khí
Một, thường dùng văn bản biên tập khí
Nhị, UltraEdit
Tam, Vi biên tập khí
Đệ nhị tiết Linux hệ thống cơ sở
Một, phần mềm trang bị
Nhị, PATH đường nhỏ thiết trí
Tam, chuẩn bị Linux mệnh lệnh
Bốn, Linux hệ thống phát ra trọng định hướng cùng ống dẫn
Năm, tiếng Trung bản Linux sửa vì tiếng Anh bản
Sáu, mở ra FTP phục vụ
Đệ tam tiết sinh vật tin tức học phòng thí nghiệm mạng cục bộ
Một, sinh vật tin tức học mạng cục bộ ví dụ thực tế
Nhị, viễn trình đăng nhập
Đệ tứ tiết Windows hệ thống hạ xây dựng bản địa BLAST
Một, BLAST download trang bị
Nhị, Blast sử dụng
Tam, ví dụ thực tế giảng giải
Tham khảo văn hiến
Chương 2 sinh vật tin tức cơ sở dữ liệu sử dụng cùng xây dựng
Đệ nhất tiết NCBI cơ sở dữ liệu tài nguyên
NCBI cơ sở dữ liệu kiểm tra
Đệ nhị tiết số liệu tồn trữ cách thức
Một, FASTA cách thức
Nhị, FASTQ cách thức
Tam, Genebank cách thức
Bốn, EMBL cách thức
Năm, chọn dùng XML thực hiện sinh vật cơ sở dữ liệu chỉnh hợp
Đệ tam tiết trứ danh sinh vật tin tức học cơ sở dữ liệu
Đệ tứ tiết sinh vật tin tức học cơ sở dữ liệu xây dựng phương pháp
Một, Apache trang bị cùng khởi động
Nhị, MySQL trang bị cùng phối trí
Tam, PHP trang bị cùng phối trí
Bốn, không thể trang bị tình huống
Năm, lợi dụng Windows Server dựng cơ sở dữ liệu server
Tham khảo văn hiến
Chương 3 căn cứ vào protein kết cấu máy tính phụ trợ dược vật thiết kế
Đệ nhất tiết protein nhị cấp kết cấu
Một, α xoắn ốc
Nhị, β phiến tầng
Tam, β chỗ rẽ
Bốn, protein nhị cấp kết cấu đoán trước
Đệ nhị tiết protein kết cấu cơ sở dữ liệu và kiểm tra
Một, PDB cơ sở dữ liệu kiểm tra
Nhị, protein kết cấu số liệu tồn trữ cách thức
Tam, protein kết cấu khả thị hóa
Đệ tam tiết protein kết cấu đoán trước
Một, quốc tế protein kết cấu đoán trước kỹ thuật đánh giá đại tái (CASP)
Nhị, lợi dụng SWISSMODEL đoán trước protein tam cấp kết cấu
Đệ tứ tiết phần tử nối tiếp công cụ Autodock
Một, Autodock trình tự trang bị
Nhị, tiểu phần tử nơi phát ra cùng xử lý
Tam, đại phần tử xử lý
Bốn, hai cái tham số văn kiện ( gpf cùng dpf ) thiết trí
Năm, kết quả xử lý
Thứ năm tiết phần tử bắt chước nguyên lý cùng công cụ
Một, phần tử bắt chước chủ yếu phương pháp
Nhị, phần tử bắt chước thường thấy công cụ
Thứ sáu tiết phần tử động lực học bắt chước công cụ Amber
Một, sinh thành tiểu phần tử khuôn mẫu
Nhị, xử lý protein văn kiện
Tam, sinh thành Topology văn kiện cùng tọa độ văn kiện
Bốn, năng lượng ưu hoá
Năm, LEAP sử dụng
Sáu, MD quá trình
Bảy, VMD sử dụng
Tám, quan khán cũng bảo tồn hình ảnh bước đi
Chín, RMS tính toán
Mười, kết quả số liệu xử lý
Tham khảo văn hiến
Chương 4 chuyển đĩa sinh vật tin tức học phân tích
Đệ nhất tiết chuyển đĩa phân loại
Một, phân loại cấp bậc
Nhị, tự chủ cùng phi tự chủ chuyển đĩa
Tam, chuyển đĩa mệnh danh
Bốn, chuyển đĩa sinh vật tin tức học phân tích
Năm, lặp lại danh sách khai quật công cụ
Đệ nhị tiết RepeatMasker cùng RepeatModeler
Một, RepeatMasker trang bị
Nhị, RepeatModeler trang bị
Tam, RepeatMasker thao tác
Bốn, RepeatMasker tìm tòi quá trình
Năm, hai cái Perl trình tự
Sáu, liên hợp nhiều lặp lại danh sách cơ sở dữ liệu
Bảy, RepeatMasker mặt khác tham số
Tám, Out kết quả văn kiện
Chín, RepeatModeler sử dụng
Đệ tam tiết LTRharvest
Đệ tứ tiết danh sách đi nhũng dư
Thứ năm tiết Circos vẽ bản đồ
Một, Circos trang bị
Nhị, Circos nhan sắc
Tam, hình ảnh phân tích
Bốn, hạch hình văn kiện
Năm, ideogram nhãn
Sáu, liên tiếp
Bảy, hình ảnh phát ra
Tám, thẳng phương đồ
Chín, Highlights đồ
Mười, dễ dàng xuất hiện vấn đề
Tham khảo văn hiến
Chương 5 sinh vật tin tức học tài nguyên
Đệ nhất tiết internet tài nguyên
Một, tại tuyến công cụ liên tiếp Expasy
Nhị, thường dùng sinh vật phần mềm phân loại cùng download
Tam, sinh vật tin tức học tiếng Trung diễn đàn
Đệ nhị tiết tập san cùng cơ cấu
Một, sinh vật tin tức học kỳ khan
Nhị, sinh vật tin tức học cơ cấu
Đệ tam tiết tại tuyến tiểu công cụ
Một, mở ra đọc khung tra tìm công cụ ORF Finder
Nhị, vẽ GO chú thích kết quả
Tam, protein tạo thành cùng ổn định tính phân tích ProtParam
Bốn, khởi động tử khu đoán trước công cụ Promoter
Năm, danh sách logo
Sáu, protein danh sách tổng hợp phân tích công cụ PredictProte
Bảy, tín hiệu thái
Tám, tương đối phân tích đồ vẽ công cụ VENNY
Đệ tứ tiết sinh vật tin tức học phân tích phần mềm
Một, EMBOSS
Nhị, EMBOSS vận hành thí dụ mẫu
Tam, tổng hợp danh sách phân tích phần mềm DNAstar
Bốn, phần tử sinh vật học thường dùng công cụ tóm tắt
Tham khảo văn hiến
Chương 6 phần tử tiến hóa
Đệ nhất tiết phần tử tiến hóa cơ sở
Một, xây dựng tiến hóa thụ thuật toán
Nhị, tiến hóa thụ cách thức
Tam, tiến hóa thụ đồ hình biểu hiện
Bốn, tiến hóa phần mềm
Đệ nhị tiết thông qua phylip xây dựng tiến hóa thụ
Một, chuẩn bị
Nhị, thông qua Clustal đem Fasta cách thức danh sách tiến hành so đối cũng bảo tồn vì phy cách thức
Tam, sử dụng seqboot thiết trí lặp lại số lượng
Bốn, thông qua tự nhiên pháp tính toán tiến hóa thụ
Năm, xây dựng nhất trí thụ
Sáu, hình ảnh chế tác
Tham khảo văn hiến
Chương 7 sinh vật tin tức học biên trình cơ sở
Đệ nhất tiết Perl ngôn ngữ
Một, CPAN
Nhị, chính tắc biểu đạt thức
Tam, Bioperl trang bị
Đệ nhị tiết thống kê ngôn ngữ
Một, R ngôn ngữ
Nhị, mặt khác thống kê phân tích công cụ
Tham khảo văn hiến
Phụ lục một sinh vật tin tức học thường dùng từ ngữ biểu một
Phụ lục nhị sinh vật tin tức học thường dùng từ ngữ biểu nhị