ENCODE
| Nội dung | |
|---|---|
| Tương quan tín tức | |
| Nghiên cứu trung tâm | Tư thản phúc đại học |
| Thật nghiệm thất |
|
| Sang thủy nhân | Brian J Raney[1] |
| Phát bố nhật kỳ | 2010 niên |
| Phóng vấn nhập khẩu | |
| Võng trạm | encodeproject |
| Công cụ | |
| Kỳ tha | |
DNA nguyên kiện bách khoa toàn thư( anh ngữ:Encyclopedia of DNA Elements,Giản xưng viENCODEHạng mục ) thị nhất cá doMỹ quốcQuốc gia nhân loại cơ nhân tổ nghiên cứu sở(NHGRI) tại 2003 niên 9 nguyệt phát khởi đích nhất hạng công cộng liên hợp nghiên cứu hạng mục[2],Chỉ tại trảo xuấtNhân loại cơ nhân tổTrung sở hữu công năng tổ kiện[1][3][4][5].
Giá thị kí hoàn thànhNhân loại cơ nhân tổ kế hoaHậu quốc gia nhân loại cơ nhân tổ nghiên cứu sở khai thủy đích tối trọng yếu đích hạng mục chi nhất.
Sở hữu tại cai hạng mục trung sản sinh đích sổ cư đô hội bị tấn tốc đích tại công cộng sổ cư khố trung công khai.
ENCOD hạng mục
[Biên tập]ENCODE phân tam cá giai đoạn thật thi: Thí nghiệm giai đoạn, kỹ thuật phát triển giai đoạn, hòa sinh sản giai đoạn.
ENCODE nhất kỳ hạng mục: Thí nghiệm hạng mục
[Biên tập]Thí nghiệm hạng mục trắc thí hòa bỉ giác hiện hữu phương pháp tiến hành nghiêm cách phân tích nhất cá sở định nghĩa đích nhân loại cơ nhân tổ tự liệt đích nhất bộ phân.
ENCODE nhị kỳ hạng mục: Sinh sản giai đoạn hạng mục
[Biên tập]
2007 niên 9 nguyệt, quốc gia nhân loại cơ nhân tổ nghiên cứu sở ( NHGRI ) khai thủy liễu ENCODE hạng mục sinh sản giai đoạn đích bát khoản. Tại giá cá giai đoạn, mục tiêu thị phân tích chỉnh cá cơ nhân tổ, tịnh tiến hành “Ngạch ngoại trung thí quy mô nghiên cứu”[6].
Tác vi thí điểm hạng mục, sinh sản công tác bị tổ chức tác vi nhất cá khai phóng đích liên minh. 2007 niên 10 nguyệt, quốc gia nhân loại cơ nhân tổ nghiên cứu sở ( NHGRI ) tại tứ niên kỳ gian hoạch bát khoản tổng ngạch siêu quá $8000 vạn mỹ nguyên[7].Sinh sản giai đoạn hoàn bao quát nhất cá sổ cư hiệp điều trung tâm, sổ cư phân tích trung tâm, hòa kỹ thuật khai phát công tác[8].Đương thời cai hạng mục phát triển thành vi nhất cá chân chính đích toàn cầu tính xí nghiệp, thiệp cập lai tự thế giới các địa đích 32 cá thật nghiệm thất đích 440 danh khoa học gia.
Sinh sản giai đoạn kết quả
[Biên tập]2012 niên 9 nguyệt 5 nhật, cai hạng mục đích sơ bộ kết quả bị chỉnh lý vi 30 thiên luận văn tịnh đồng thời phát biểu vu đa cá khan vật, bao quát 6 thiên luận văn tại 《Tự nhiên》, 6 thiên luận văn tại 《 cơ nhân tổ sinh vật học 》 cập 18 thiên luận văn tại 《 cơ nhân tổ nghiên cứu 》 thượng[9][10].
Tối dẫn nhân chú mục đích phát hiện thị, nhân loại DNA hữu sinh vật hoạt tính đích phân sổ đại vu dĩ tiền cổ kế trung tức sử thị tối nhạc quan đích cổ kế hoàn yếu cao đắc đa. Giá ta phát biểu đích luận văn hiển kỳ nhân loại cơ nhân tổ nội đíchPhi biên mã DNAChí thiếu 80% thị hữu sinh vật hoạt tính đích, nhi phi tượng chi tiền nhận vi đích cận cận thị “Lạp ngập”. Giá cá kết quả phi thường trọng yếu, nhân vi nhân loại cơ nhân tổ trung 98% đích DNA thị phi biên mã đích, ý vị trứ tha môn tịnh bất trực tiếp biên mã nhậm hà đản bạch chất tự liệt.
Tham kiến
[Biên tập]- SIMAP
- Nhân loại cơ nhân tổ kế hoa
- Thiên nhân cơ nhân tổ kế hoa
- Quốc tế nhân loại cơ nhân tổ đan thể hình đồ kế hoa( giản xưng HapMap kế hoa )
Tham khảo văn hiến
[Biên tập]- ^1.01.1Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D,Kent, WJ.ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update).Nucleic Acids Res.January 2011,39(Database issue): D871–5.PMC 3013645
.PMID 21037257.doi:10.1093/nar/gkq1017.
- ^Maher B. ENCODE: The human encyclopaedia. Nature. 2012,489(7414): 46–48.doi:10.1038/489046a.
- ^The ENCODE Project Consortium.A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE).PLOS Biology. 2011-04-19,9(4): e1001046[2018-04-02].ISSN 1545-7885.doi:10.1371/journal.pbio.1001046.( nguyên thủy nội dungTồn đươngVu 2018-03-28 )( anh ngữ ).
- ^ENCODE Project Consortium, Ewan Birney, John A. Stamatoyannopoulos, Anindya Dutta, Roderic Guigó, Thomas R. Gingeras, Elliott H. Margulies, Zhiping Weng, Michael Snyder, Emmanouil T. Dermitzakis, Robert E. Thurman, Michael S. Kuehn, Christopher M. Taylor, Shane Neph, Christoph M. Koch, Saurabh Asthana, Ankit Malhotra, Ivan Adzhubei, Jason A. Greenbaum, Robert M. Andrews, Paul Flicek, Patrick J. Boyle, Hua Cao, Nigel P. Carter, Gayle K. Clelland, Sean Davis, Nathan Day, Pawandeep Dhami, Shane C. Dillon, Michael O. Dorschner, Heike Fiegler, Paul G. Giresi, Jeff Goldy, Michael Hawrylycz, Andrew Haydock, Richard Humbert, Keith D. James, Brett E. Johnson, Ericka M. Johnson, Tristan T. Frum, Elizabeth R. Rosenzweig, Neerja Karnani, Kirsten Lee, Gregory C. Lefebvre, Patrick A. Navas, Fidencio Neri, Stephen C. J. Parker, Peter J. Sabo, Richard Sandstrom, Anthony Shafer, David Vetrie, Molly Weaver, Sarah Wilcox, Man Yu, Francis S. Collins, Job Dekker, Jason D. Lieb, Thomas D. Tullius, Gregory E. Crawford, Shamil Sunyaev, William S. Noble, Ian Dunham, France Denoeud, Alexandre Reymond, Philipp Kapranov, Joel Rozowsky, Deyou Zheng, Robert Castelo, Adam Frankish, Jennifer Harrow, Srinka Ghosh, Albin Sandelin, Ivo L. Hofacker, Robert Baertsch, Damian Keefe, Sujit Dike, Jill Cheng, Heather A. Hirsch, Edward A. Sekinger, Julien Lagarde, Josep F. Abril, Atif Shahab, Christoph Flamm, Claudia Fried, Jörg Hackermüller, Jana Hertel, Manja Lindemeyer, Kristin Missal, Andrea Tanzer, Stefan Washietl, Jan Korbel, Olof Emanuelsson, Jakob S. Pedersen, Nancy Holroyd, Ruth Taylor, David Swarbreck, Nicholas Matthews, Mark C. Dickson, Daryl J. Thomas, Matthew T. Weirauch, James Gilbert, Jorg Drenkow, Ian Bell, XiaoDong Zhao, K. G. Srinivasan, Wing-Kin Sung, Hong Sain Ooi, Kuo Ping Chiu, Sylvain Foissac, Tyler Alioto, Michael Brent, Lior Pachter, Michael L. Tress, Alfonso Valencia, Siew Woh Choo, Chiou Yu Choo, Catherine Ucla, Caroline Manzano, Carine Wyss, Evelyn Cheung, Taane G. Clark, James B. Brown, Madhavan Ganesh, Sandeep Patel, Hari Tammana, Jacqueline Chrast, Charlotte N. Henrichsen, Chikatoshi Kai, Jun Kawai, Ugrappa Nagalakshmi, Jiaqian Wu, Zheng Lian, Jin Lian, Peter Newburger, Xueqing Zhang, Peter Bickel, John S. Mattick, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Sherman Weissman, Tim Hubbard, Richard M. Myers, Jane Rogers, Peter F. Stadler, Todd M. Lowe, Chia-Lin Wei, Yijun Ruan, Kevin Struhl, Mark Gerstein, Stylianos E. Antonarakis, Yutao Fu, Eric D. Green, Ulaş Karaöz, Adam Siepel, James Taylor, Laura A. Liefer, Kris A. Wetterstrand, Peter J. Good, Elise A. Feingold, Mark S. Guyer, Gregory M. Cooper, George Asimenos, Colin N. Dewey, Minmei Hou, Sergey Nikolaev, Juan I. Montoya-Burgos, Ari Löytynoja, Simon Whelan, Fabio Pardi, Tim Massingham, Haiyan Huang, Nancy R. Zhang, Ian Holmes, James C. Mullikin, Abel Ureta-Vidal, Benedict Paten, Michael Seringhaus, Deanna Church, Kate Rosenbloom, W. James Kent, Eric A. Stone, NISC Comparative Sequencing Program, Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center, Washington University Genome Sequencing Center, Broad Institute, Children's Hospital Oakland Research Institute, Serafim Batzoglou, Nick Goldman, Ross C. Hardison, David Haussler, Webb Miller, Arend Sidow, Nathan D. Trinklein, Zhengdong D. Zhang, Leah Barrera, Rhona Stuart, David C. King, Adam Ameur, Stefan Enroth, Mark C. Bieda, Jonghwan Kim, Akshay A. Bhinge, Nan Jiang, Jun Liu, Fei Yao, Vinsensius B. Vega, Charlie W. H. Lee, Patrick Ng, Atif Shahab, Annie Yang, Zarmik Moqtaderi, Zhou Zhu, Xiaoqin Xu, Sharon Squazzo, Matthew J. Oberley, David Inman, Michael A. Singer, Todd A. Richmond, Kyle J. Munn, Alvaro Rada-Iglesias, Ola Wallerman, Jan Komorowski, Joanna C. Fowler, Phillippe Couttet, Alexander W. Bruce, Oliver M. Dovey, Peter D. Ellis, Cordelia F. Langford, David A. Nix, Ghia Euskirchen, Stephen Hartman, Alexander E. Urban, Peter Kraus, Sara Van Calcar, Nate Heintzman, Tae Hoon Kim, Kun Wang, Chunxu Qu, Gary Hon, Rosa Luna, Christopher K. Glass, M. Geoff Rosenfeld, Shelley Force Aldred, Sara J. Cooper, Anason Halees, Jane M. Lin, Hennady P. Shulha, Xiaoling Zhang, Mousheng Xu, Jaafar N. S. Haidar, Yong Yu, Yijun Ruan, Vishwanath R. Iyer, Roland D. Green, Claes Wadelius, Peggy J. Farnham, Bing Ren, Rachel A. Harte, Angie S. Hinrichs, Heather Trumbower, Hiram Clawson, Jennifer Hillman-Jackson, Ann S. Zweig, Kayla Smith, Archana Thakkapallayil, Galt Barber, Robert M. Kuhn, Donna Karolchik, Lluis Armengol, Christine P. Bird, Paul I. W. de Bakker, Andrew D. Kern, Nuria Lopez-Bigas, Joel D. Martin, Barbara E. Stranger, Abigail Woodroffe, Eugene Davydov, Antigone Dimas, Eduardo Eyras, Ingileif B. Hallgrímsdóttir, Julian Huppert, Michael C. Zody, Gonçalo R. Abecasis, Xavier Estivill, Gerard G. Bouffard, Xiaobin Guan, Nancy F. Hansen, Jacquelyn R. Idol, Valerie V. B. Maduro, Baishali Maskeri, Jennifer C. McDowell, Morgan Park, Pamela J. Thomas, Alice C. Young, Robert W. Blakesley, Donna M. Muzny, Erica Sodergren, David A. Wheeler, Kim C. Worley, Huaiyang Jiang, George M. Weinstock, Richard A. Gibbs, Tina Graves, Robert Fulton, Elaine R. Mardis, Richard K. Wilson, Michele Clamp, James Cuff, Sante Gnerre, David B. Jaffe, Jean L. Chang, Kerstin Lindblad-Toh, Eric S. Lander, Maxim Koriabine, Mikhail Nefedov, Kazutoyo Osoegawa, Yuko Yoshinaga, Baoli Zhu, Pieter J. de Jong.Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project.Nature. 2007-06-14,447(7146): 799–816[2019-02-12].ISSN 1476-4687.PMC 2212820 .PMID 17571346.doi:10.1038/nature05874.( nguyên thủy nội dungTồn đươngVu 2019-06-19 ).
- ^Roderic Guigó, Paul Flicek, Josep F. Abril, Alexandre Reymond, Julien Lagarde, France Denoeud, Stylianos Antonarakis, Michael Ashburner, Vladimir B. Bajic, Ewan Birney, Robert Castelo, Eduardo Eyras, Catherine Ucla, Thomas R. Gingeras, Jennifer Harrow, Tim Hubbard, Suzanna E. Lewis, Martin G. Reese.EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project.Genome Biology. 2006,. 7 Suppl 1: S2.1–31[2019-02-12].ISSN 1474-760X.doi:10.1186/gb-2006-7-s1-s2.( nguyên thủy nội dungTồn đươngVu 2016-04-01 ).
- ^Genome.gov | ENCODE and modENCODE Projects.The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute. 2011-08-01[2011-08-05].( nguyên thủy nội dungTồn đươngVu 2011-08-07 ).
- ^National Human Genome Research Institute - Organization.The NIH Almanac. United States National Institutes of Health.[2011-08-05].( nguyên thủy nội dungTồn đươngVu 2015-10-04 ).
- ^Genome.gov | ENCODE Participants and Projects.The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute. 2011-08-01[2011-08-05].( nguyên thủy nội dungTồn đươngVu 2011-08-07 ).
- ^ENCODE project at UCSC.ENCODE Consortium.[2012-09-05].( nguyên thủy nội dungTồn đươngVu 2012-09-10 ).
- ^Walsh, Fergus.Detailed map of genome function.BBC News. 2012-09-05[2012-09-06].(Nguyên thủy nội dungTồn đương vu 2012-09-06 ).
Ngoại bộ liên tiếp
[Biên tập]- Quan phương võng trạm- ENCODE Project at UCSC
- ENCODE project(Hiệt diện tồn đương bị phân,Tồn vuHỗ liên võng đương án quán) at theNational Human Genome Research Institute
- ENCODE/GENCODE project(Hiệt diện tồn đương bị phân,Tồn vuHỗ liên võng đương án quán) at theWellcome Trust Sanger Institute
- ENCODE-sponsored introductory tutorial
- FactorBook(Hiệt diện tồn đương bị phân,Tồn vuHỗ liên võng đương án quán)
- ENCODE threads Explorer(Hiệt diện tồn đương bị phân,Tồn vuHỗ liên võng đương án quán) at theNature (journal)