存在的问题有史料不全和真实性难以考证、学科交叉和知识结构复杂。
1、史料不全和真实性难以考证：浙派中医历史悠久，但是受到历史原因和文化传承等方面的影响，其相关史料不全，真实性难以考证，这给卷编纂工作带来了一定的困难。
2、学科交叉和知识结构复杂：中医药学科的交叉性很强，浙派中医的卷编纂涉及到中医、针灸、推拿、气功等多个学科领域，知识结构非常复杂，这需要编纂人员具备跨学科的综合素质和知识水平。