西格蒙德·弗洛伊德把自我当作“本我的佣人”来看待，自我把绝大部分能量消耗在对本我的控制和压抑上，因而自我在很大程度上是受本我影响的。而安娜·弗洛伊德则过分强调本我，强调要给予自我以应有的重视。她认为从临床的角度，更应该重视自我。
安娜·弗洛伊德认为人在幼儿时期，个体的自我十分软弱，行为常常受本我驱使。随着儿童的发展，在社会现实和教育的影响下，儿童的自我和本我都发生了变化。自我不再是一味地服从本我，它对客观现实的态度逐渐超越了俄狄浦斯情结。
儿童进入青春期之后，就不再完全依赖父母，认同作用开始取代他的客体爱。此时他的自我能够控制本我的愿望满足了，父母和教师对儿童的希望、要求和理想等都在儿童的内心发生了心力内投，这时超我开始建立起来，即青春期的自我在控制本能过程的斗争中获得了一个新的同伴——超我。在这种情况下，自我就不再无节制地满足本我的欲望，否则它就会同超我发生冲突，而受到良心的谴责，然而自我和本我之间并未停止斗争。
随着生理过程的发展，出现了本能过程的新刺激，这就是力比多参与到青春期的生理过程中来了。使自我和本我之间的关系遭到了破坏，心理平衡被打破，这两种结构之间出现了新的内部冲突。最初，受本我控制的力比多还比较少，随着青春期生理过程的发展，受本我控制的力比多数量日益增多。如攻击性冲动，嗜食，顽皮，对口欲和肛欲的兴趣，粗鲁野蛮的行为，以及童年早期的某些性观念等都开始表现出来。不过，现在的情况与童年期不同，青春期的自我一方面要满足本我，另一方面还要根据超我的要求（即按照社会道德标准）办事，有时为了压抑本我的本能冲动，或者为了防止由此而引起的焦虑，自我便尽可能多地使用各种防御机制，力图以此来改变心理上的失调，进一步适应环境和使心理得到安慰。
她认为，自我是一个媒介，要了解本我和超我，必须通过自我。这样的自我观，自然让她的治疗观也不同，她说：“研究本我及其活动方式永远不过是达到目的手段。我们的目的是始终如一的：及矫正心理异常，使自我恢复其统一性。” 在 1936 年的《自我与防卫机制》一书， 安娜·弗洛伊德系统总结和扩展了其父对自我防御机制的研究。 指出人类的最重要的防卫机制是压抑。所谓防御机制是指个体习惯性的一种带有潜意识的反应方式，其目的在于防止自我因挫折冲突引起焦虑的压力，安娜一共论述了 15 种：
压抑（repression）：是指把那些不能被意识所接受的冲动、观念或回忆、情感等压抑到潜意识中去。这是最古老的和最危险的防御机制之一，也是使用其它防御措施的先决条件。
否认（denial）：是指“当对外部事件的知觉象征性地与有威胁的冲动相联系时，人们会潜意识地阻止外部事件进入意识”。否认就是通过拒斥而把危险排除在外。
禁欲（asceticism）：是指青春期表现出来的一种心理特点。在安娜看来，青春初期的青少年常常对出现的性冲动感到不安，为了使自己不至于因此而做出越轨行为，他们便通过放弃一切欲望和快乐来保护自己。
投射（projection）：是指把自己所不能接受的冲动、欲望和思想转移到别人或其它对象身上。使这些冲动脱离自我，好像它们不是自我的一部分。人们经常用这种方法来避免意识到那些自己不能接受的欲望、感情或想法。
利他（altruism）：在安娜·弗洛伊德看来，利他主义也是一种投射作用。她认为，人们通过采取某种行动，—方面满足了自己的需要，一方面又帮助了别人；在某些极端情况下，人们可能会不惜放弃自己的需要来满足别人的愿望。
转移（displacement）：是指对某一对象的情感由于含有危险（或其它原因）而无法直接向该对象表达时，人们有时会把这种情感或冲动转移到其它对象身上，使自己的情感得到宣泄，心理得到平衡。
自我约束（turning - against - self）：是把冲动向内转向自我，而不是向外转向某一对象。这种自我约束的结果通常会导致心理不适、罪疚感、抑郁以及受虐癖的情感。
反向（reaction - formation）：是指把别人或社会所不能接受的冲动或欲望转移到它们的反面，使之成为可接受的。
反转（reversal）：是一种类似于反向作用的防御机制，它可以把冲动从积极主动的方式变成消极被动的方式。这是因为原来采纳的行为方式是社会所不容许的，为了求得心理的平衡，人们便采取了这样一种反向作用的防御手段。
升华（sublimation）：是把某些冲动和欲望通过某种高尚的行为转变为社会所接受的东西，这是一种“本能目的替换作用”。
心力内投（Introjection）：是把外部对象或自己所赏识的某些人物的特点结合到自己的行为和信仰中去的一种防御机制。
对攻击者的认同（identification with the aggressor）：安娜·弗洛伊德把它也视为一种心力内投的防御机制。它是对自己所恐惧的人或对象的行为进行模仿和学习，使人在心理上感到自己就是那个令人恐惧的人或对象，以此来消除自己的恐惧心理。
隔离（isolation）：是强迫性神经症的一个典型特征。指人们把社会所无法接受的冲动或欲望在意识中保留下来，但与此同时却剥夺了其中的情欲和意义，以此来达到一种理智型情绪隔离，以免引起精神上的不愉快。
抵消（undoing）：是指一旦发生了一些令人无法接受的事情，人们常常以某种魔幻般的姿态或仪式来抵消由此而造成的心理不安。
退行（regression）：是指人们在受到挫折或面临焦虑、应激等状态时，放弃已经学到的比较成熟的适应技巧或方式，而退行到使用早期生活阶段的某种行为方式，以满足自己的某些欲望。 自我发展路线
安娜悉心观察了自我是怎样控制生活所提出的各种问题的，通过对儿童自我生活的分
析和观察，她为本我——自我的相互作用阶段提出了一个新的术语，她称之为“发展路线”。在这个相互作用阶段，儿童逐渐摆脱了对外界控制力的依赖，并逐渐获得了对内外现实的自我控制。安娜所谓的发展路线，是指儿童在成熟过程中从完全依赖他人到获得相对的完全独立，从完全没有理性到几乎非常有理性，从对现实只有完全被动的联系到进行自觉主动的联系等。这些发同路线表明自我企图在没有痛苦的回避和不过度地使用各种防御机制的情况下，成功地面对各种复杂的生活情境。例如，和母亲分别、弟弟妹妹的降生、发生疾病、入学、与同伴交往、游戏、青春期性兴趣的出现和爱情生活等情况下能顺利地度过。
安娜共划分了六条发展路线，其共同主题是儿童竭力掌握和控制自己的现实：
（1）从依赖他人到情绪上的自力更生；
（2）从哺乳到合理的饮食；
（3）从大小便失控到能进行适当控制；
（4）从对身体的管理不闻不问到负起责任；
（5）从关注自己的身体到关注玩具，从喜爱游戏到参加工作；
（6）从以自我为中心到建立友谊关系。
儿童精神分析
安娜在伦敦的时候，观察了一些战争创伤后长大的儿童，这些孩子一、两岁就失去父母，颠沛流离。她说“这些孩子非常神经过敏，心神不安，富有攻击性，难以控制。他们表现出一种强烈的自体性欲行为，有些人甚至出现了神经症状的萌芽，但是他们既不是有先天缺陷者，也不是有违法犯罪行为者，更不是精神病患者。”从这些观察和分析中，安娜坚定地认为生命初期的环境对儿童心理发展具有至关重要的作用。她甚至认为“个性的一切特征在五岁以前就确定了。”
在长期的临床实践中，安娜愈益清楚地认识到，对儿童的精神分析比单纯把正统的精神分析理论运用到儿童之中更为复杂。安娜认为，儿童正在向成熟发展，他的身心既是脆弱的，又隐含着巨大发展的可塑性。所以儿童分析者不要把注意力完全集中在神经症状上，而应该集中在儿童未来的心理健康这一发展目标上。在安娜看来，具体的神经症状只是儿童心理问题的一小部分，而真正威胁儿童心理发展的障碍却主要在于他所关心的对象，是它导致和控制着儿童的神经症状。此外，即使儿童在行为方面表现出明显的神经症状时，这些症状在儿童的生活史中也具有和成人大不相同的含义。因此，儿童精神分析决不能完全照搬正统精神分析的方法。安娜提出了一种新的分析体系，它强调的是人格的形成，探索的是造成人格畸形发展的原因，高度重视的是对人格健康发展的严重威胁，而对那些给儿童的心理发展造成的不太严重但又不可避免的伤害则不予理睬。
安娜认为，精神分析只能给人的生活提供指导，而不可能从根本上改变人的生活。她发现有些分析者在治疗中常常把造成儿童人格障碍的原因追寻到出生的第一年，退寻到人格障碍的最早期表现，有时甚至涉足到人格的那些不可改变的结构及环境情况，他们企图通过分析治疗而苦的一种普遍有效的预防措施，它的作用和效果是有局限性的。由于人的生活环境是千差万别的，许多特殊情况都有可能损害一个儿童的生活，即使是最竭尽全力的分析治疗也可能解决不了，因为它毕竟无法从根本上改变人的生活环境，安娜认为，如果人们认识不到这种局限性，就会不切实际地把儿童分析的结果扩展到他的一生，企图对他的全部人生道路都起指导作用，那就有百害而无一利了。儿童分析者必须认识到，儿童更依赖于外界现实，因而也更容易受当前外界现实的影响。例如，儿童对父母的依赖，与兄弟姐妹和同伴的冲突，他们和教师及其他权威人土的关系等都可在儿童的心理障碍中表现出来。儿童分析治疗与成人的根本区别是，成人的神经症疾患已经几乎完全内化了，只有通过分析解释才能从他们的过去生活和早期未解决的冲突中找到原因，而对儿童的分析治疗则可以从当前社会现实中的当前关系来寻找原因。
安娜认为：“在治疗中，特别是幼小儿童的治疗可以说明他们被客观世界所控制的程度，即他们的行为和病理有多少是受环境影响决定的（如病人的合作与拒绝态度，……只有通过分析解释才能从他们的过去生活和早期未解决的冲突中找到原因，而对儿童的分析治疗则可以从当前社会现实中的当前关系来寻找原因。
安娜认为：“在治疗中，特别是幼小儿童的治疗可以说明他们被客观世界所控制的程度，即他们的行为和病理有多少是受环境影响决定的（如病人的合作与拒绝态度，喜爱或冷淡的态度，批评或欣赏的态度），以及有多少是受其婚后性生活和谐与否决定的……完全依赖于对内部世界进行解释的儿童分析者可能会忽视病人对其环境情况——这在目前是同样重要的——叙述活动。”可见，安娜不仅重视儿童的周围环境，而且重视当前社会现实对儿童的影响，她认为儿童分析者应从儿童与现实世界的关系中来了解心理疾病的原因，即使对那些有严重心理创伤的儿童，安娜也力图承认，他们在努力适应，应付和控制可能会毁灭他们的环境。因此努力改善儿童生活的环境，创设一个良好的教育和环境条件，才是解决儿童心理冲突的关键。当然，有些客观环境是儿童分析者所无法解决的，例如由于战争而失去父母的儿童，人们很难再为他们创立一个完整、健康的家庭环境。
安娜·弗洛伊德对人格的发展深感兴趣，花了 50 余年时间将西格蒙德·弗洛伊德的精神分析理论用于儿童心理分析和教育工作。
弗洛伊德的精神分析主要以成年人为对象，虽然其人格理论提到儿童的心理发展，但实际上并未深入对儿童进行精神分析的经验。 安娜·弗洛伊德则长期从事儿童心理分析和教学工作，其《儿童精神分析技术导论》一书，系统地阐述了她的儿童心理学研究成果，开创了儿童精神分析的治疗法。
由于儿童语言能力有限，无法实施自由联想或释梦技术，安娜·弗洛伊德创造应用游戏观察和家庭访问观察方式进行。1938 年随父定居伦敦后，她就在居家附近开设儿童精神分析诊所，一面对儿童实施精神分析，一面训练精神分析人员。其在该所工作的研究记录《儿童精神分析治疗》一书，对儿童精神分析贡献极大。