以色列航空公司高度重视飞行安全。以色列航空公司以严格的安全检查程序而闻名于世界。以色列航空的保安程序亦要求所有乘客在登机前单独接受查问，让以色列航空的职员找出可能出现的保安威胁。所有乘客均被分为三个威胁程度：以色列人和犹太人通常被列为最低威胁程度，西方人则被列为中等威胁程度，而阿拉伯人(尤其是男性)就被列为最高威胁程度。
以色列航空公司每班国际航班都有数名携有枪械的特工伪装成乘客（实际数量因保密原因，政府和航空公司没有公开）。所有以色列航空的飞行员都曾经是以色列空军的飞行员，而且都受过搏击训练。事实上，所有以色列航空的雇员均曾经在以色列陆军服役（以色列是个强制服兵役的国家）。
以色列航空公司的机队所有飞行国际航班的飞机都装有反导弹系统，是世界第一间安装此设备的民用航空公司。此外，以色列航空在海外机场停留时，会有持枪的机场特警在停机坪驻守及巡逻。以色列航空历史上只在1968年被劫过一次。