酶的辅助因子按其与酶蛋白结合的紧密程度与作用特点不同可分为辅酶（coenzyme）与辅基（prosthetic group）。辅酶与酶蛋白的结合比较疏松，可以用透析或超滤的方法除去。在酶促反应中，辅酶作为底物接受质子或基团后离开酶蛋白，参与另一酶促反应并将其所携带的质子或基团转移出去，或者相反。辅基与酶蛋白结合较为紧密，不能通过透析或超滤的方法除去。在酶促反应中，辅基不能离开酶蛋白。辅助因子多是金属离子或小分子有机化合物。金属离子是最常见的辅助因子，约2/3的酶含有金属离子。作为酶的辅助因子，最常见的金属离子有K+、Na+、Mg2+、Cu2+/Cu+、Zn2+、Fe2+/Fe3+等。