东北一直是明朝国土，统治以设立都司来统治，都司是一个军事部门，各个地方上都有都司部门，也就是说明朝对东北的统治就像国内其他地方一样划归中央管辖而不是采取自治的方法。 　

明洪武元年（1368年），明军攻占元大都，元朝灭亡。明太祖朱元璋为了消灭盘踞东北，负隅顽抗的故元残余势力，一方面派黄俦等人前往辽东，“诏谕辽阳诸处官民帅众归附”；另一方面派兵从山东渡海，向辽东进军，迫使故元辽阳行省平章刘益投降。

于是洪武四年（1371年）明在辽东设置定辽卫都卫，洪武八年（1375年）明改定辽卫都卫为辽东都指挥使司，管辖辽东二十五卫，一百三十八所，二州，一盟。

朱元璋为了向北推进，在“慎固边防，翼卫王室”的思想指导下，把自己的儿子分封在北方和东北，如封燕王于北平、封韩王于开原、封宁王于喀喇沁、封辽王于广宁，其目的是“据名藩，控要害，以分制海内”。

明朝要统一东北，就必须消灭东北境内的“故元遗兵”。洪武二十年（1387年），朱元璋派冯胜、傅友德率领明军进攻金山，纳哈出兵败投降，其他“故元遗兵”也纷纷归降，元朝在东北地区的残余势力被肃清。 

　　洪武年间，明在东北的势力最远只达到松花江、牡丹江及牙兰河一带。永乐时，明迁都北京以后，把战略重点转向北方，除了征抚蒙古外，更加强对女真地区的经营。永乐帝十分注意调查研究女真的情况，亲自找女真人询问地方风俗人情。

早在永乐元年（1403年），就派遣邢枢等人，“往谕奴儿干吉列迷诸部落招抚之”。

永乐二年（1404年），又派遣辽东千户王可仁前往豆满江等地，安抚建州女真。明王朝采取安抚政策，收到很好效果，“东北至奴儿干，涉海有吉列迷诸种部落，东邻建州、海西、野人女直，……永乐初，相率来归”，“悉境归附”。明朝政府在这里“因其地分设卫、所”。于是设置奴儿干卫，以把刺答哈、阿刺孙等四人为指挥同知，古胪寺等为千户所镇抚，随后设立了一百多个卫所。

永乐七年（1409年），奴儿干卫地方官员忽刺冬奴等人来朝，奏称奴儿干“其地冲要，宜立元帅府。”明廷接受了这个建议，设置“奴儿干都指挥使司”，任命内地官员康旺为都指挥同知，王肇舟为都指挥佥事。

永乐九年（1411年），正式派遣太监亦失哈、都指挥同知康旺等，“率军一千余人，巨船二十五艘”，前往该地“开设奴儿干都司” [81]，专管卫所事务。奴儿干都司管辖地区，“东濒海，西接兀良哈，南邻朝鲜，北至奴儿干北海”。根据《明实录》记载统计，从永乐初到嘉靖时，前后在上述地区共设立三百七十个卫，二十个所。

今天，明代设置的卫所早已废圮，但是永乐十一年（1413年），明朝官员在奴儿干都司治所，修建永宁寺时刻的石碑《永宁寺记》，以及宣德八年（1433年）重修永宁寺时又刻的《重建永宁寺记》石碑，详细记载了奴儿干都司和卫所的情况，为我们提供了我国东北疆域的历史见证。另外还有《昭勇将军崔源墓志》记载，“宣德元年同太监亦信下奴儿干等处招谕，……正统元年，奉敕抚安忽（刺）温野人”，以及《明威将军宋国忠墓志铭》记载，宋国忠的高祖宋卜花，曾在明初奉命招谕奴儿干的事迹[85]。这两块墓志反映的事实和永宁寺两块石碑记载是完全一致的，有力说明明代在奴儿干设官建置，这里是我国疆域的一部分。 　　

“卫所”是按照明朝政治制度设置的地方军事行政机构，它和内地有所不同的是除了军事职能外，还要管理地方行政事务，所谓“抚绥属部”。“卫所”官员都是明朝中央政府直接委任的，采取“因其部族，……官其酋长为都督、都指挥、指挥、千百户，镇抚等职，给予印信，俾仍旧俗，各统其属”的政策。

他们的官职是世袭的，父死子继、父老子替都必须得到明政府的批准。如果要求晋升官爵、更换敕书（委任状）、增加赏赐等，则要呈报明朝政府，不得擅自行动，否则要受到处罚。明朝授给奴儿干都司属下卫所的官印，不断有所发现，如有《毛怜卫指挥使司之印》、《木答里山卫指挥使司印》、《禾屯吉卫指挥使司印》、《囊哈儿卫指挥使司印》、《塔山左卫之印》，以上的“印信”，清楚表明了明朝在东北地区设置地方行政机构，进行管理最好的历史物证。 　　

永乐元年(1403)，明政府在此置建州卫，委该部首领阿哈出(明廷赐名为李承善，《李朝实录》作於虚出)为指挥使。斡朵里部迁至图们江流域，九年又迁至绥芬河流域，依附建州卫住牧。据《明实录》记载，不迟于十四年明政府在其地置建州左卫，委该部首领猛哥帖木儿(《满洲实录》等作孟特穆)为建州左卫都指挥使后两卫辗转迁徙。正统三年(1438),建州卫迁至浑河上游的苏子河流域，以今新宾县老城镇为中心住牧。五年，建州左卫亦迁至此地。七年，明政府从建州左卫中析出建州右卫。委猛哥帖木儿子董山掌左卫，委董山异父弟凡察掌右卫。建州三卫由此形成。