《舆地广记》（北宋）载：“梅州春秋为七闽地，战国属越，秦属南海，汉属南越”。
南齐时期设置程乡县，五代十国南汉乾和三年(945)即后晋开运二年，程乡升为敬州，领程乡县。这是梅州州治设立的起始。
北宋开宝四年(971)因避宋太祖祖父赵敬之讳，改敬州为梅州。“梅州”的名称即始于此。
北宋熙宁六年(1073)废梅州复置程乡县，隶属潮州。
北宋元丰五年(1082)复置梅州，领程乡县，属广南东路。
南宋绍兴六年(1136)废梅州复设程乡县，隶属潮州。
南宋绍兴十四年又复置梅州，仍领程乡县，属广南东路。
元至元十六年(1279)，梅州升为梅州路总管府，至元二十三年，复降为梅州，领程乡县，属江西行中书省广东道宣尉使司。
元贞元年(1295)，梅州隶属潮州路，延祐五年(1318)，改直隶广东道宣慰使司。
明洪武二年(1369)，废梅州复置程乡县，属广东布政使司潮州府。
清雍正十一年(1733)，程乡升格为直隶嘉应州，统领兴宁、长乐、平远、镇平4县加上本属的程乡县称“嘉应五属”，直属广东省辖。
嘉庆十二年(1807)升嘉应州为嘉应府。
嘉庆十七年复为嘉应州，仍领兴宁、长乐、平远、镇平四县。
宣统三年(1911)，嘉应州复名梅州。
民国3年(1914)废州府制，梅州改名梅县。
中华人民共和国成立后，1949年10月设置兴梅专区；
1950年1月26日，设置兴梅行政督察专员公署，辖梅县、兴宁、五华、大埔、丰顺、蕉岭、平远7县；
1952年底，撤销兴梅专区，兴梅7县改隶粤东行政区；
1956年2月，粤东行政区划分为惠阳专区、汕头专区，兴梅7县属汕头专区；
1965年7月，设立梅县专区，原兴梅7县从汕头专区分出，归属梅县专区，后改为梅县地区；
1979年3月，原梅县所辖之梅州镇由区级升格为县级称梅州市，梅县地区辖7县1市；
1983年6月，梅州市与梅县合并改为梅县市，梅县地区由所辖7县1市改为6县1市；
1988年1月，广东实行市管县体制，梅县地区改为梅州市，辖原兴梅7县及新划县级区梅江区，共7县1区；
1994年6月，兴宁县撤县设市（县级），梅州市辖梅江区、梅县、平远县、蕉岭县、大埔县、丰顺县、五华县，代管兴宁市（县级）。
2013年10月，国务院正式批准同意梅州市撤销梅县，从此梅县结束了县治，设立梅州市梅县区。梅州市辖梅江区、梅县区、大埔县、丰顺县、五华县、平远县、蕉岭县，代管兴宁市（县级） 。