为进一步支撑淮河流域水生态保护工作，监测与科研中心成立了淮河流域水生态监测评价指标体系研究工作组。中心主要负责人担任工作组长，分管负责人、首席科学家分别任副组长、技术组长，成员由相关科室业务骨干组成。工作组于4月3日召开了第一次会议，听取了相关工作情况汇报，就所选指标的科学性、针对性和可行性、各指标的评价打分方式、期望值和权重的设定、综合评估试点等进行了讨论。

2020年以来，按照生态环境部统一安排，监测与科研中心连续四年对淮河干流、主要支流和重点湖库的 50-71个点位开展水生态监测与评价工作，为建立完善水生态监测评价指标体系奠定了工作基础。按照计划，工作组将结合淮河流域“一横、两纵、三湖、四区”空间布局，坚持统筹水资源、水环境、水生态治理，聚焦淮河流域农业面源污染防治压力大、生态流量保障难度大等问题，集中力量、深入研究以水生态系统健康为核心，以水生境保护、水环境保护、水资源保障为支撑的监测评价指标体系。