1、退休待遇
新农合和职工医保最大的差别，是不能享受退休医保待遇。职工医保男性缴满25年，女性缴满20年，即可享受医保终身待遇，享受医保退休待遇。而新农合是没有这个福利的，即使新农合的参保人到了退休年龄，也要按规定继续缴纳医保费用，才可以享受医保报销待遇。
2、医保缴费
新农合缴费费率比职工医保低的多，每年一般只要交一两百块钱左右，而职工医保则是每个月几百块钱！当然了，医保的大头都是公司交，自己只要交一小部分。新农合医保每年缴费有一定程度的上涨，不过上涨幅度并不大。各个地区规定不同，缴费标准不同。
3、报销比例
新农合的报销比例大概是50%到60%，从缴费金额来看，新农合的性价比还是挺高的。职工医保比新农合的报销比例要高一些，不过起付线要比新农合高。
4、门诊和买药
职工医保参保人可以持医保卡到定点药店买药，或者医保定点医院门诊，用医保卡个人账户的钱进行支付。新农合没有个人账户，暂时不支持看病买药或者门诊就医的结算。