职务侵占罪的立案程序主要分为三个阶段，受案、审查和立案。
人民检察院举报中心负责统一受理、管理举报线索。其他部门或者人员对所接受的犯罪案件线索，应当及时移送举报中心。有关机关或者部门移送人民检察院审查是否立案的案件线索和人民检察院侦查部门查办案件发现的案件线索，由侦查部门自行审查。举报中心对于所收到的举报线索要及时进行处理。
侦查部门对于举报中心移交的举报线索进行审查后，应当制作审查结论报告，提出处理意见，报检察长决定，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，提请批准立案侦查认为没有犯罪事实的或事实不清、证据不足的或有刑事诉讼法第十五条规定情形之一，不追究刑事责任的情况，提请批准不予立案。对于属于错告的，如果对被控告人、被举报人造成不良影响的，应当向有关部门澄清事实。对于属于诬告陷害的应当依法追究其责任。
人民检察院决定对案件立案侦查的，应当制作立案决定书。决定不予立案的，如果是被害人控告的，应当制作不立案通知书，写明案由和案件来源、决定不立案的原因和法律依据，由侦查部门在十五日内送达控告人，同时告知本院控告、申诉检察部门。控告人不服，可以在收到不立案通知书后十日内申请复议。对于不立案的复议，由人民检察院的控告、申诉检察部门办理，并在收到复议申请三十天以内作出复议决定。人民检察院对于未构成犯罪，决定不予立案，但需要追究党纪、政纪责任的被举报人应当移送有关主管机关处理。