两者的区别主要表现为：
1.犯罪主体不同，这是职务侵占罪和贪污罪最主要、最本质的区别，职务侵占罪的主体是非国家工作人员，贪污罪的主体是国家机关工作人员以及受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员。
2.犯罪客体和犯罪对象不同。职务侵占犯罪的客体是公司、企业或其他单位的财产所有权，其犯罪对象是本单位的财物，从所有制性质上看，可以是公共财物，也可能是非公共财物。而贪污罪侵犯的是复杂客体、双重客体，它既侵犯了公共财产的所有权，也侵犯了国家工作人员职务的廉法性，其犯罪对象仅限于公共财产。
3.构成犯罪的数额标准和法定刑不同。职务侵占犯罪的数额规定高于贪污罪。依照《解释》的规定，职务侵占罪以“5000-0元”为数额较大的起点。根据刑法第三百八十三条的规定，贪污罪一般以5000元作为追究刑事责任的数额起点，对不满5000元、情节较重的，也可以追究刑事责任。在法定刑上，职务侵占罪的法定最高刑为十五年有期徒刑，而贪污罪的法定最高刑为死刑。这与我国“从严治吏”的刑事政策也是相吻合的。