公司合并申请书要包含下列内容：原公司以及合并后成立的新公司的名称，法人代表，住址，商标，注册资本，公司的规章制度等内容。接下来要写公司合并的目的，一般是为了加强公司的市场竞争力，或者是为了获取更高的营业利润等。然后写公司合并的事实和理由，也就是要写明公司合并前后的一些基本信息，还有原公司的债权债务关系如何处理，要写明处理的方法。对于公司合并申请书，除了上述内容外，还要写明公司合并后公告的日期，以及办法等。
法律依据：
《公司法》第一百七十二条公司的合并
公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。
一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
第一百七十三条公司合并的程序
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
第一百七十四条公司合并债权债务的承继
公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。