货运合同纠纷很多发生在货物运输完毕以后，如何处理无效货运合同纠纷，关系到当事人双方的权利义务，必须慎重对待，合理地平衡双方的利益分配。
对于确定无效的合同遗留问题如何处理，合同法第五十八条确立了基本的处理规则：“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。”在货物运输合同中，承运人已经进行的运输活动是无法返还的，因此，应当由对方当事人折价补偿。具体补偿标准可以参照运输合同约定的价款确定。在承运人未能完成合同约定义务的情况下，应当由承运人向对方承担损害赔偿责任。
在运输合同履行完毕前，如果承运人取得了行政许可，本着促成交易的原则，应当认可货运合同的效力。在承运人没有从事货运业务的资格时，具体处理是：
1.承运人在完成运输任务前取得相应资格的，对方当事人请求按照无效合同处理的，应当不予支持
2.承运人按照约定完成了运输任务的，承运人有权请求参照合同约定支付运输费用
3.承运人未能按照约定完成任务的，承运人应当向对方承担损害赔偿责任。