对于毒品犯罪集团的首要分子，应按集团毒品犯罪的总数量处罚对其他主犯，应按其所参与的或组织、指挥的毒品犯罪数量处罚对于从犯，应按其所参与的毒品犯罪的数量处罚。
首先，对主犯要区别对待。主犯分为毒品犯罪集团的首要分子和除首要分子之外的一般主犯。由于这两种主犯的罪行和主观恶性有所不同，对他们的处罚也应有所区别。根据刑法第二十六条第三款规定，走私、贩卖、运输、制造毒品的犯罪集团的首要分子，要按照集团进行毒品犯罪活动所涉及的全部毒品数量以及所有毒品犯罪事实对其进行处罚，不限于追究其本人直接实施的具体毒品犯罪行为的刑事责任。这体现了对首要分子从严惩治的立法精神和宽严相济刑事政策的要求。对毒品犯罪集团首要分子以外的其他主犯，根据刑法第二十六条第四款规定，应按照其所参与的或组织、指挥的毒品犯罪总数量来处罚，同时考虑其在犯意提出、犯罪策划、共犯纠集、毒资筹措、具体行为实施等方面所起的作用，对其他共犯的组织、指挥、安排、控制程度等方面的具体情节。另外，不同主犯之间的主观恶性和社会危害性是有区别的，对不同的主犯，判处刑罚也应区别对待。“纪要”增加了共同犯罪中存有多个主犯或共同犯罪人时如何区别量刑的内容，即对于共同犯罪中有多个主犯或共同犯罪人的，处罚上应全面考察各主犯或共同犯罪人在共同犯罪中实际发挥作用的差别，主观恶性和人身危险性方面的差异，对罪责或人身危险性更大的主犯或共同犯罪人依法判处更重的刑罚。这有利于贯彻宽严相济刑事政策，也符合量刑个别化的要求。司法实践中，有多名主犯或共同犯罪人的，必须充分考虑其在共同犯罪中的地位和作用，以及主观恶性和人身危险性，进一步区分出罪责更为严重者和罪行最为严重者，准确地认定各人的罪责并适用刑罚。一般情况下，如果罪行最严重的主犯因有重大立功、自首等法定情节未被判处死刑立即执行，对罪行相对较轻的主犯也不能判处死刑立即执行。确需判处两名以上被告人死刑立即执行的，必须有充分的理由，一般仅限于犯罪情节极其恶劣、犯罪后果特别严重的毒品案件，且被告人又系毒品再犯、累犯等。
其次，对从犯要从宽处罚。“纪要”规定，对毒品犯罪的从犯，应按照其所参与的毒品犯罪的数量和刑法第二十七条第二款的规定，从轻、减轻或免除处罚。同时强调不同案件不能简单地类比，一个案件的从犯参与犯罪的毒品数量可能比另一案件的主犯参与犯罪的毒品数量大，但对这一案件从犯的处罚不是必然重于另一案件的主犯。共同犯罪中能分清主从犯的，不能因为涉案的毒品数量特别巨大，就不分主从犯而一律将被告人认定为主犯或实际上都按主犯处罚，一律判处重刑甚至死刑。