债权债务纠纷的公司不可以注销，因为公司要依法定程序进行注销，要成立清算组进行公告清理债权债务，如果经公告，在45天内，债权人没有申请债权视为自动放弃。如果没有公告，没有进行清算就注销，那么有可能将由清算义务人来承担法律责任。
法律依据
《民法典》第七十二条清算期间法人存续，但是不得从事与清算无关的活动。法人清算后的剩余财产，按照法人章程的规定或者法人权力机构的决议处理。法律另有规定的，依照其规定。清算结束并完成法人注销登记时，法人终止；依法不需要办理法人登记的，清算结束时，法人终止。