合同补充条款手写有效，但是必须手写部分是合同签订时在双方见证的情况下填写后签字，手写部分在双方各自持有的合同文本上都有，且处于落款的上方，手写部分是对打印部分的修改、解释，但在手写部分的旁边有双方签字就有效。
【法律依据】《民法典》第四百九十条 当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。