公司的知识产权保护有商标权、专利权、著作权、商业秘密、域名等。公司在与其他单位或个人合作的过程中，一定要对所涉及的知识产权的权属、使用范围、期限、后续研发成果的分配等做详细规定，签署相关法律文件，以此来保护应有的知识产权。
法律依据：
《专利法》第十条
中国单位或者个人向外国人、外国企业或者外国其他组织转让专利申请权或者专利权的，应当依照有关法律、行政法规的规定办理手续。
转让专利申请权或者专利权的，当事人应当订立书面合同，并向国务院专利行政部门登记，由国务院专利行政部门予以公告。专利申请权或者专利权的转让自登记之日起生效。