不冲突。新农村合作医疗是卫生部管理的，参保对象是农村人口，单位缴交的五险一金中的基本医疗医疗保险与之相对应，但单位缴交的基本医疗保险是各地社保或医保部门管理的，参保对象是城镇职工。如果同时参保，当你生病就医发生医疗费用时，只能享受城镇职工医疗保险待遇，由基本医疗保险基金按规定支付医疗费用，不能同时享受新农村合作医疗待遇。
医保和公司的社保区别是怎样的？
1、社保种类不同，在家交的是城乡居民养老和医疗保险，在单位交的是职工社保五险；
2、缴纳费用不同，居民社保为个人缴费和政府补贴，职工社保为个人缴费和单位缴费；
3、参保资格不同，居民社保要求在户籍地缴费，而职工社保不分户口在全国都可以参保；
4、待遇不同。
综上所述，家里的医保和公司交的没有冲突五险。希望对您有所帮助。《社会保险法》
第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。