1、农村宅基地的档案，在县（区）即土地管理部门即国土资源局存放。宅基地档案可以到上述部门查询。
2、法律依据：《中华人民共和国档案法实施办法》第八条
县级以上地方各级人民政府档案行政管理部门依照〈档案法〉第六条第二款的规定，履行下列职责;
(一)贯彻执行有关法律、法规和国家有关方针政策;
(二)制定本行政区域内的档案事业发展计划和档案工作规章制度，并组织实施;
(三)监督、指导本行政区域内的档案工作，依法查处档案违法行为;
(四)组织、指导本行政区域内档案理论与科学技术研究、档案宣传与档案教育、档案工作人员培训。
第九条 机关、团体、企业事业单位和其他组织的档案、机构依照〈档案法〉第七条的规定，履行下列职责;
(一)贯彻执行有关法律、法规和国家有关方针政策，建立、健全本单位的档案工作规章制度;
(二)指导本单位文件、资料的形成、积累和归档工作;
(三)统一管理本单位的档案，并按照规定向有关档案馆移交档案;
(四)监督、指导所属机构的档案工作;
第十二条 按照国家档案局关于文件材料归档的规定。
应当立卷归档的材料由单位的文书或者业务机构收集齐全，并进行整理、立卷，定期交本单位档案机构或者档案工作人员集中管理;任何人都不得拒为己有或者拒绝归档。
第十三条 机关、团体、企业事业单位和其他组织，应当按照国家档案局关于档案移交的规定，定期向有关的国家档案馆移交档案。
属于中央级和省级、设区的市级国家档案馆接受范围的档案，立档单位应当自档案形成之日起满20年即向有关的国家档案馆移交;属于县级国家档案馆接受范围的档案，立档单位应自档案形成之日起满10年即向有关的县级国家档案馆移交。
经同级档案行政管理部门检查和同意，专业性较强或者需要保密的档案，可以延长向有关档案馆移交的期限;已撤消单位的档案或者由于保管条件恶劣可能导致不安全或者严重损毁的档案，可以提前向有关档案馆移交。