离婚协议纠纷案需要遵循民事诉讼法的流程办理。原告起诉应该提交起诉状、男方身份证、女方身份证、离婚协议、离婚证等，法院可以采用简易程序也可以采用普通程序审理，时间不一，如果对一审法院判决不服，可以在15日内上诉。如果法院判决胜诉后，被告不履行判决，可以向法院申请执行判决内容。
法律依据：
《民事诉讼法》第三条
人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。