实践中对此有不同观点：
(1)劳动关系确认之诉适用一年的仲裁时效
为防止权利人不及时行使自己的权利，有效避免案件发生时间与诉讼时间相隔过长，导致案件事实、证据取证、法律适用等方面面临困境，国家规定了诉讼时效制度。时效制度是权利人在自己的权利受到非法侵害时，在法定的时效期间内不行使权利，时效期间届满，权利人便失去法律保护，劳动人事争议仲裁委员会或人民法院对权利人的权利不再进行保护的制度。
《劳动争议调解仲裁法》第二条第一款、第六款规定：“中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。”
第二十七条第一款规定：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”这表明，劳动关系确认争议属于《劳动争议调解仲裁法》的调整范围，应适用有关仲裁时效的规定，将仲裁时效的起算点规定为“从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日”。
确认劳动关系虽然表面上并不涉及具体的权利，但在具体案件中，劳动者要求确认劳动关系的目的在于要求其实体权利的实现，如：职业病赔偿、解决工资报酬、补缴社会保险、加班费用等。这一确认之诉实则是请求之诉的过程和桥梁，劳动者要想取得其实体权利，就必须先行确认劳动关系，因此应当适用仲裁时效的规定。
(2)劳动关系确认之诉不适用仲裁时效
劳动关系主体一方为完成一个诉求需要先对双方是否存在劳动关系进行确认。
首先，劳动关系确认解决的是当事人之间是否存在劳动法律关系，并不涉及实体权利义务纠纷，仅仅是对已经发生的事实进行认定，单就确认劳动关系争议这一确认之诉环节中来说不涉及劳动者具体的权益，即无“诉的利益”，当然就不存在是否超过申诉时效的问题。
其次，劳动仲裁时效与民事诉讼中的诉讼时效是两个不同的概念。仲裁时效解决的是劳动者在申请仲裁时，仲裁委依据职权依法查证适用是否超过仲裁时效，而民事诉讼中，劳动者提起确认之诉，法院一般不能依据职权去主动查证和适用是否超过诉讼时效，需根据对方当事人抗辩做出。劳动仲裁在法的分类上属经济法的范畴，但确认劳动关系之诉却从属于民事诉讼。因此不适用劳动仲裁一年时效期间的规定。