公司股权转让，应当由转让人，按照百分之二十的比例税率来缴纳个人所得税。个人的应纳税额是，转让股权的收入总额减去股权的原值和合理费用后的剩余金额。
【法律依据】
《中华人民共和国个人所得税法》第三条，个人所得税的税率：（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。