员工实发工资超过五千元要缴税。
【法律依据】
《中华人民共和国个人所得税法》第三条，个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。