由于行医是关系到人民生命健康的特殊职业，国家在这方面的管理制度是较为严格的。对于行医者的资格，要求经过正规的专业教育和严格的职业培训，以保证服务质量，保障人民生命财产安全对于行医活动，制定了一整套管理工作规范及制度，以促进医疗卫生事业健康发展。尽管如此，由于种种原因，我国行医者管理工作仍面临着许多有待解决的问题。
1、非法行医的行政责任。为了加强对医疗机构的管理，促进医疗卫生事业的发展，保障人民健康，任何单位或个人，未取得《医疗机构执业许可证》，不得开展诊疗活动。《医疗机构管理条例》第四十四条规定：“违反本条例第二十四条规定，未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令菘停业活动，没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以1万以下的罚款。”此外，卫生部发布的有关行政规章，如《医师、中医师个体开业暂行管理办法》。其中也规定了取缔、打击非法行医的财产处罚方法，即没收非法收和药品、器械，可并处罚款。
2、非法行医造成损害的。由于非法行医的主体一方，不附合医疗纠纷的特征要求，由此造成的病人人身损害事件，不属于医疗纠纷，更不构成医疗事故。就民事责任而言，不能依照《医疗事故处理办法》承担补偿责任，而应适用《民法通则》关于人身侵权损害赔偿的有关规定承担赔偿责任。
3、非法行医犯罪的刑事责任。非法行医者不仅无视国家法律，不经卫生行政管理部门批准，需要承担相应的行政责任和民事责任。而且病房表现为医疗技术水平低下，甚至根本不懂得医学，往往给病人造成较为严重的损害，考虑到危及生命。