1、行为的主体不同，检举人一般是与违纪案件没有直接关系的人，既不是同案人，也不是被害人；而控告人则是直接或间接的受害人，或是受害人的法定代理人及亲属等；
2、行为的目的不同，检举一般是出于义愤或为了维护公共利益；而控告一般是为了保护自己的权益。
法律依据
3、《宪法》第四十一条
中华人民共和国公民对于任何国家机关和国家工作人员，有提出批评和建议的权利；对于任何国家机关和国家工作人员的违法失职行为，有向有关国家机关提出申诉、控告或者检举的权利，但是不得捏造或者歪曲事实进行诬告陷害。
对于公民的申诉、控告或者检举，有关国家机关必须查清事实，负责处理。任何人不得压制和打击报复。
由于国家机关和国家工作人员侵犯公民权利而受到损失的人，有依照法律规定取得赔偿的权利。