民间借贷预先扣除利息的处理是：借款的利息不得预先在本金中扣除；利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。利息的计算由当事人约定。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第六百六十七条 【借款合同定义】借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。