分情况：第一种，县党代会换届选举。在党代会召开时，以无记名投票方式选出县委委员。然后县委委员在召开的第一次全体会议上，选举出县委书记。
第二种，党代会闭会期间时，由上级直接任命。这里的“上级”可不是地级市市委。由于县委书记的位置非常关键，又分两种情况：
一是由地级市市委提名人选，省委组织部审查，报经省委常委会决定。也就是说，地级市市委是有推荐和建议权的。通常，这种情况在最终的干部大会宣布时，通报为——市委常委、组织部长A宣布省委、市委决定：B任某某县委委员、常委、书记。此处会点明“省委、市委决定”。
二是由省委组织部直接考察，省委常委会研究决定。这种情况多见于省直部门“空降”或者异地调任，属于省委统一调配。这种情况在最终的干部大会宣布时，任命通报为——市委常委、组织部长A宣布省委决定：B任某某县委委员、常委、书记。此处会点明“省委决定”，不会再提“市委”。
综合来看，县委书记的最终决定权是在省委，而不是地级市市委。县委书记之所以由省委任命，主要是由于其位置关键，处于上下协调、左右统筹的核心位置。因此，其任命权限已经由地级市市委上移到省委。
法律依据
《党政领导干部选拔任用工作条例》第三十六条 市（地、州、盟）、县（市、区、旗）党委和政府领导班子正职的拟任人选和推荐人选，一般应当由上级党委常委会提名并提交全会无记名投票表决；全会闭会期间，由党委常委会作出决定，决定前应当征求党委委员的意见。