借款协议书的还款期限由双方协商确定。若期限是指诉讼时效的，则借款协议书有诉讼时效，诉讼时效为三年，从约定的还款期限届满之日起算。借款合同适用一般的诉讼时效。权利人向义务人提出履行义务的、义务人同意履行义务的、权利人提起诉讼或者申请仲裁的，适用诉讼时效中断，诉讼时效期间重新计算。根据《民法典》第一百八十八条第一款的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
法律依据
《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。