没结婚证分开，有两个孩子的分配是：两周岁以下的孩子一般归女方直接抚养，对两周岁以上八周岁以下的孩子可按有利于其成长原则处理，八周岁以上的孩子应当尊重其意愿。随父亲户口的应当提供亲子关系鉴定证明，随母亲户口的直接向其常住户口所在地的辖区公安派出所申报出生登记。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第二十六条
父母对未成年子女负有抚养、教育和保护的义务。成年子女对父母负有赡养、扶助和保护的义务。
《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条
非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。