拆迁正在营业的商铺，赔偿问题是要根据不同的情况进行：
一、证照齐全，并且取得了营业执照可以对外经营，参照门面房的价格进行补偿。
二、没有房产证和土地证是租赁的房屋的赔偿。
三、还有一种就是租赁房屋的赔偿。