公司登记管理条例对申请设立公司主体的规定如下：设立有限责任公司，应当由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关申请。设立国有独资公司，应当由国务院或者地方人民政府授权的本级人民政府国有资产监督管理机构作为申请人。