承担保管合同纠纷损失的责任主体是：如果是因保管人保管不善造成的，由保管人承担赔偿责任；如果保管人是无偿保管人，并且能够证明自己没有故意或者重大过失的，则不承担赔偿责任。法律依据：《民法典》第八百八十八条 保管合同是保管人保管寄存人交付的保管物，并返还该物的合同。 第八百九十七条 保管期内，因保管人保管不善造成保管物毁损、灭失的，保管人应当承担赔偿责任。但是，无偿保管人证明自己没有故意或者重大过失的，不承担赔偿责任。 第八百九十八条 寄存人寄存货币、有价证券或者其他贵重物品的，应当向保管人声明，由保管人验收或者封存；寄存人未声明的，该物品毁损、灭失后，保管人可以按照一般物品予以赔偿。