单位犯罪，是基于单位意志而实施的行为，单位自首作为单位犯罪后的忏悔行为，当然也是基于单位意志而实施的。因此，对单位犯罪自首的认定，需要把握以下三个方面的问题：
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1)自动投案的实施者只能是其直接负责的主管人员或其他直接责任人员，而不能是单位本身。
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2)必须如实交代单位的罪行。投案者除了必须如实供述自己的犯罪行为外，还必须交代其所知道的所有其他人员的犯罪行为。
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3)关于单位意志的认定是单位自首之关键所在，它必须是单位整体意志的集中体现，即以单位的名义，且经过单位集体研究决定或者由其负责人员决定，如果单位内部在自首问题上有异议，适用少数服从多数原则来认定。
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4)在认定单位犯罪自首时应注意，在判决书中应明确记载成立自首的是单位而非自动投案人员，以示区别。
相关法条：
《中华人民共和国刑法》第六十七条
犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。