一、离婚程序不同民政局协议离婚优点是比较方便，只要双方达成一致意见即可随时领取离婚证。而在法院达成调解协议则程序较繁琐，需先立案后开庭再判决，上海地区大部分法院已经把此类案件列为速裁庭，一周即可处理结案。如适用简易程序案件，办理所需时间一般是十五天至三十天，时间相对较长。
二、经济成本不同民政局协议离婚经济成本低，而法院调解离婚，无夫妻共同财产分割的，五十元;涉及财产分割的，需按照财产标的收费。因此，如果夫妻共同财产有价值几十万元的房产，所缴的诉讼费也需几千元，相对成本较高。
三、协议履行不同从协议的履行方面来看，民政局协议离婚所备案的离婚协议书虽然有效，但是不具有强制执行的效力，当一方不履行协议内容时，另一方必须向法院另行起诉解决，而协议书中所约定的内容，并不是百分之百得到法律的支持。一旦产生纠纷，仍需法院判决，具有很大的不确定性。通过法院达成的调解协议离婚，有法院下达的调解书，具有可强制执行的效力。任何一方不履行法院的调解协议，对方即可向法院申请强制执行，法院通过查封、冻结、甚至拘留罚款等强制措施使对方必须遵守协议，更有保障。
四、内容审查不同从协议内容来看，民政局对于离婚协议的内容基本不审查，由双方当事人协商一致就可以，因此，协议书中涉及对财产、子女、债权债务的处分，往往是根据当事人对法律的认识，措词不规范，考虑不周全，极易产生纠纷，留下隐患。