企业遗失劳动合同的，有以下处理方式：
1、劳动合同既然在劳动局进行了备案，可到劳动局复印一份，并让劳动局加盖公章。
2、也可让劳动者提供一份复印件由劳动者签字，单位盖章。
这样就能保证档案的完整性，最关键的是要严格按劳动法和劳动合同法执行，避免出现劳资纠纷。
一般同一单位相同岗位的员工权利义务基本都一致，且依据规定员工也应当持有一份，如考虑到员档案的完整性，也可向该员工提出对其持有的劳动合同进行复印，便让其签字确认即可。
【法律依据】
《劳动合同法》第十六条，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。