1、涉及公司内部关系的纠纷：公司利益分配纠纷，股东权利行使的纠纷、出资瑕疵对内承担责任的纠纷
2、涉及公司外部责任承担的纠纷：股权转让的纠纷，出资瑕疵对外承担责任的纠纷等等
对于隐名股东的股东主体资格认定问题，需要考虑以下几点问题：
1、在股东出资不足、瑕疵的情况下，公司债权人是否知道隐名股东的存在。如果明知隐名股东对公司出资情况并实际控制公司股份的，可以要求隐名股东和显名股东承担连带责任。
2、公司隐名股东与显名资格确认的纠纷中，隐名股东可以依据协议等实质证据直接对抗显名股东。可以不改变股东名册而直接确认其股东资格。