医疗技术鉴定机构也分为民间鉴定机构、行政鉴定机构、司法鉴定机构。民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。行政鉴定机构主要是指医学会，是行政法规指定的行政鉴定机构。司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。也有些司法鉴定机构办理非诉讼鉴定案件。
医疗纠纷发生后，选择医疗技术鉴定机构需要高度重视，与案件的处理的最终结果息息相关。鉴定机构的中立性与专业水平是最重要的考虑因素，但中立性更应优先考虑。
据鉴定权支配力量的不同，鉴定可分为：自行鉴定、行政鉴定、司法鉴定。
自行鉴定是公民对在日常生活、工作中产生争议的专门性问题委托专业性的检测机构或相关专家进行检验、评价、与判断，从而为争议问题的解决提供科学依据而从事的一项活动。
行政鉴定是行政管理部门依据国家的有关法律、法规，在行政执法或依法处理行政事务纠纷时，对涉及的专门性问题委托所属的行政鉴定机构或法律法规专门指定的检验、鉴定机构进行检验、分析与评判，从而为行政执法或纠纷事件处理、解决提供科学依据而从事的一项行政活动。
司法鉴定是指在诉讼中人民法院依其职权，或有关诉讼参与人的请求委派具有专门知识、技能或特别经验的人，对案件中涉及的某些专门性问题进行检验、鉴别和判断，从而为诉讼案件的公正裁判提供科学依据而从事的一项诉讼活动。
自行鉴定没有争议的情况下，可以作为医疗纠纷处理的依据，行政鉴定是行政机关处理医疗纠纷的依据，如果没有争议，经法院审查合法，也可以作为诉讼案件定案依据。司法鉴定除具有一般鉴定的属性外还具有司法权威性，在对鉴定结论存在争议的情况下，司法鉴定作为司法活动往往行使最终决定权，司法鉴定通常还作为法官认证的工具，实践中通常以司法鉴定结论作为裁判的依据。