1、工程欠款纠纷起诉程序为承包人首先书写起诉状，准备相应的证据材料，然后向法院起诉；
2、再由法院的立案庭对承包人提交的材料进行审核，如果符合条件的，办理立案手续，并排期开庭；
3、不符合的，不予受理，并说明理由。
4、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。