如果发生了医疗事故不承认后也是可以向当地的卫生行政部门提出异议申请的。那么相关部门在受理了相关的申请后也是会在规定的期限内做出决定，在医疗事故双方对赔偿的具体金额以及赔偿的项目协商无法一致后，当事人也是可以向当地的法院提出诉讼申请的。
法律依据：
《医疗事故处理条例》第二十条
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。