一般有两种处理方法：
一是在对该案件侦查终结后，将案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关，由该公安机关移送相应的检察机关提起公诉；
二是被指定立案侦查的公安机关报请其上一级公安机关与该市中级法院协商后，中级法院指定该市基层法院管辖；并通知与中级法院对应的市检察院，市检察院再通知相应的基层检察院。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十七条
上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。