不合法。员工离职前已提供劳动的，用人单位需支付相应的工资。
1.具体法律依据如下：《工资支付暂行规定》第十五条-用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资。用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
2.总结：法律有规定，员工已付出的劳动应支付工资。法律有规定合法的辞职手续，谁都不能违反。
自离行为不受法律保护，所以自离会产生后遗症，对员工很被动。扣工资就是其中之一。
双方都有不妥的地方，协商解决。