小额贷款公司是由省政府主管部门审批、到工商部门领取营业执照的独立法人，不需要领取经营金融业务许可证，因此不属于金融机构，但是，小额贷款公司却经营货币、发放贷款，却在履行着金融机构的职能，这样就使得小额贷款公司出现了身份上的尴尬，使得小额贷款公司造成以下几种缺点：
1、在银行的存款仅按一般工商户的活期存款利率执行，远低于金融企业同业存放款项利率，也没有存放中央银行款项利率高。
2、向银行类金融机构融资时，无法享受银行同业拆借利率优惠，只能按一般企业贷款利率执行，融资成本较高。
3、由于小额贷款公司不属于金融机构，也不利于其金融债权维护。
4、由于小额贷款公司不属于金融机构，因此既不能享受金融机构的税费优惠政策，又不能享受各种针对农村金融机构财政补贴资金，却要按一般企业缴纳税费，造成小额贷款公司税费负担较重，据调查目前小额贷款公司一般要缴纳5.56%的营业税及附加、25%的企业所得税、 1.5%的价格调控基金和0.15‰的印花税。