第一步：DNA提取
把样本细胞核中所含有DNA提取出来，然后进行一定的纯化，化除样本中的杂质。
第二步：PCR扩增
PCR的中文名为聚合酶链式反应，简单的说，PCR扩增这一步就是把我们所需要的片段通过酶促反应，在PCR仪上进行大量复制，放大到通过某些专用仪器可以看到的程度。
第三步：后PCR反应
这一步主要是上ABI测序仪检测的准备阶段，将双链的DNA打开，加一些检测用的的内标，主要是用来标记检测的片段长度。
第四步：毛细管测序仪检测
由于DNA带有电荷，通过毛细管电泳的方法，不同片段DNA长度的电泳速度不同，在同样的电压，同样的电泳时间下，泳动的距离不同，这些长短不同距离可以通过前期加入的内标测量分辨出来，同时可通过一定的软件显示在电脑上，方便检测人员处理和分析数据。