推翻已经生效的工伤认定书的方式是应当在工伤认定书送达之日起60日内向上一级劳动行政部门申请行政复议，或者在六个月内提起行政诉讼。用人单位或者工伤职工及其近亲属对经过行政复议已经发生法律效力的复议决定不服，应当在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起行政诉讼。
根据《工伤保险条例》第二十条，社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。