公司清算程序中会按照以下方式清理公司债权债务：
1、清算组清理公司财产，编制资产负债表和财产清单；
2、公司的债务人应当向公司清偿债务；
3、清算组以公司财产清偿债务；
4、剩余财产按照股东的出资比例或者股东持有的股份比例进行分配。
【法律依据】
《中华人民共和国公司法》第一百八十六条，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。