1.分公司不具备独立法人资格，其所有对外的债权债务均应由总公司承担。但一般分公司都是相对独立开展业务，在注销时应由总公司对其进行清算，并接收其资产、债权和未了结的债务。通过清算形成清算报表，确认盈亏，并报当地主管税务机关认可，总公司据此作相应的账务处理。
2.总公司按合并报表的方式，以其净资产(亏损额)与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。
风险提示：
由于经合法清算后的公司剩余财产，由股东依法进行分配后归股东所有，因此，股东在公司注销后，发现公司对外尚有债权或其他财产权益的，可以自己的名义依法提起诉讼，主张权利。