如果经过合法的程序，经过县级以上人民政府的批准，行政相对人在法定的期限内又不行使司法救济的权利，认定为违建的话，是可以不予以补偿的。定是否违建，并不是单纯的以有证与否为标准的，需要考量建筑物修建的时间，是否符合规划，历史原因等等多个因素。